患SAHS的患者其尿液中可出现蛋白。SAHS患者的蛋白尿是没有临床意义的，其属于功能性的。随着SAHS得到治疗，呼吸暂停改善，蛋白尿会明显的减少，SAHS重新加重的话，蛋白尿也随着再度增加。

SAHS患者发生蛋白尿可能与反复呼吸暂停致低氧，高碳酸血症，使肺动脉压，右心房压，中心静脉压，肾静脉压和肾小球毛细血管静水压依次升高，引起肾小球基底膜结构发生可逆性改变，蛋白质由基底膜滤出，从而产生蛋白尿。SAHS患者夜间尿量较常人增加，这种肾功能改变是由于反复的呼吸暂停所致肾功能产生一系列的改变，破坏了尿液产生的机制而致，但这是一种可逆性的肾功能改变。呼吸暂停纠正，夜间尿量就会相应的减少。